Herat stammt wahrscheinlich von der antiken persischen Stadt Artacoana ab, die vor 500 v. Chr. gegründet wurde. Die Stadt war möglicherweise auch als Aria bekannt und war ein Zweig des als Seidenstraße bekannten Handelsweges nach Sin-Kiang und China.

Sie wurde 330 v. Chr. von Alexander dem Großen erobert. Die Stadt wurde neu erbaut und die Zitadelle errichtet. Sie war Teil des Seleukidenreiches, wurde aber bei verschiedenen Gelegenheiten von anderen erobert und wurde 167 v. Chr. Teil des Partherreichs.

Um 484 wurde sie Teil des Hephthaliten-Reichs ("Weiße Hunnen")

Vor 1040 wurde sie von den Ghaznaviden beherrscht und 1040 von den Seldschuken eingenommen.

1175 wurde Herat von den Ghoriden erobert und kam dann zum Khawarazm-Reich(?). In dieser Zeit wurde Herat ein wichtiges Zentrum der Herstellung von Metallwaren, besonders Bronze, die oft mit kunstvollen Einlegearbeiten aus wertvollen Metallen verziert wurden.

1221 wurde sie von den Mongolen erobert und später durch Dschingis Khan zerstört.

Um 1381 wird sie durch Timur erneut zerstört. Unter seinem Sohn Schah Rukh wurde sie wieder aufgebaut und wurde ein bedeutendes Zentrum des Timuridenreiches.

Herat bildete im 15. Jahrhundert als Hauptstadt des Timuridenreiches das Zentrum einer reichen persisch-türkisch geprägten Kultur, während die staatliche und militärische Organisation türkisch-mongolischer Tradition folgte. Am Herater Hof versammelten sich zahlreiche Dichter, Gelehrte, Miniaturenmaler und andere Künstler. Die Grabmoschee des Hasret Ali, dem Schwiegersohn des Propheten Mohammed und ein Mausoleum des Abu Nasr Parsa in Mazar-i-Sharif gehören zu den hervorragendsten Bauwerken dieser Zeit

Im späten 15. Jahrhundert wurde unter Königin Gauhar Shad der Musalla-Komplex (mit vielen Minaretten) errichtet.

1506 wurde die Stadt von den Usbeken erobert und wenige Jahre später von Ismail Safawi. Herat wurde Teil von Persien.

Zwischen 1718 und 1880 gab es viele Schlachten bis Herat schließlich Teil eines vereinten Afghanistan wurde.

Schon vor der sowjetischen Invasion Afghanistans Ende 1979 gab es eine umfangreiche Präsenz von sowjetischen Beratern mit ihren Familien in Herat. Vom 10. bis zum 20. März meuterte die Armee in der Stadt unter Führung von Ismail Khan und 350 Sowjetbürger wurden getötet. Die Sowjets bombardierten die Stadt, was zu umfangreichen Zerstörungen und zu tausenden Toten führte, und eroberten die Stadt mit Panzern und Fallschirmjägern zurück.
Ismail Khan wurde Mujahedin-Kommandeur und nach dem Abzug der Sowjets Gouverneur von Herat.

1988 wurde Saifullah Afzali, Kommandeur der Jami'at in Herat umgebracht. (Nach dem sowjetischen Abzug zeigte sich ein neuer Trend in der Widerstandsszene: Es wurde eine große Zahl einflussreicher Kommandanten ermordet und zudem unbeteiligte Zivilisten)

Am 30. 12. 1992 riefen die Mujaheddin den "Islamischen Staat Afghanistan" ins Leben. Isma'il Khan wurde Gouverneur von Herat, und die Provinz erlebte eine dreijährige Periode relativer Properität, während große Teile Afghanistans im Chaos lebten.

Im November 2001 verloren die Taliban Herat wieder an Isma'il Khan. Im selben Monat noch wurden in Herat Fakten geschaffen. Isma'il Khan ließ von seinen Soldaten einen Checkpoint an der Grenze zum Iran einrichten und hatte damit die Zollkontrolle. Isma'il Khan brachte den Machtapparat der Provinz daraufhin schnell unter seine Kontrolle und verschaffte sich die Legitimation durch den Obersten Rat der Korangelehrten in Herat. Das Abkommen von Bonn-Petersberg hat er nicht unterzeichnet, dennoch ernannte ihn die neue Regierung in Kabul zum Provinzgouverneur. Die Beziehungen allerdings zwischen der Regierung Karzai und Isma'il Khan gestalteten sich von Anfang an schwierig.
Der Herrscher von Herat war und ist darauf bedacht, seine Eigenständigkeit zu wahren. Er pflegt gute Beziehungen zum Iran und versorgt seine Gefolgsleute mit einflussreichen Posten - auch gegen den Willen der Zentralregierung. Insgesamt hat er sich, obwohl er die Regierung in Kabul offiziell anerkennt, einen guten Teil der Regierungsmacht angeeignet.

21. Juli 2002: Bei Shindand brechen Kämpfe zwischen dem lokalen Kommandanten Amanullah Khan Eshaqzai und Ismail Khan, Gouverneur von Herat, aus.